他们要解决的首要问题，就是按IBM的要求，将QDOS使用的8英寸磁盘改为使用5．25英寸磁盘，这牵涉到了记录状态的变更。开发工作的困难有的可以预计，有的难以预料。
微软公司在感恩节的周术才收到IBM送来的一台样机。鲍勃·奥里尔负责对原QDOS加工，将它转变成IBM个人计算机要求的专业软件。但最初IBM计算机的规格只有_一个雏形，并没有规定全部细节，为了在IBM要求的期限完成这个软件的开发，鲍勃只好冒险一试。收到样机以后，他就同迈兜‘科特尼开始在那间闷热难熬的小屋子里紧张工作。他们使用了两种计算机，这些机器持续不断发出的热量不仅使屋子里的温度又上升了好几度，叫人受不了，而且更严重的是引起了计算机本身工作的不稳定。研发工作也就难以进行下去，他们花好几个小时在软件上寻找原因，结果才知道原因是在计算机上。
1981年1月5目，鲍勃·奥里尔终于决定给IBM的卢·弗拉申斯基写信，说明这个问题，他写道：“几个星期以来，微软公司的人勤奋工作，在你们送来的个人计算机样机上安装QDOS。刚开始时，硬件运行是正常的。令人满意。但是不久之后就不稳定了。IBM公司的工程师认为问题出在样机上。可能是由于计算机工作时产生热量，使一些地方发生了接触不良的现象。……为了在计算机上安装合适的操作系统，我们有时不得不花好多天时间来查明问题是出在硬件上还是软件上。我们就这样浪费了许多时日。虽然如此，我们还是有可能在1月12日前完成预定的DOS和BASIC的开发。不过，我们再也不能浪费时间了。”